Missão na Criação: (Decreto 50.404/1968) – desenvolver estudos e pesquisas puras e aplicadas, em qualquer ramo da medicina e biologia, direta ou indiretamente relacionados com a Saúde Pública; colaborar com os órgãos da Saúde Pública no combate a surtos epidêmicos; prestar assistência aos órgãos oficiais do Estado no controle e na padronização de produtos biológicos; divulgar suas pesquisas e trabalhos de interesse ao progresso da medicina e biologia; realizar missões cientificas, no país e no exterior; promover e colaborar na formação e aperfeiçoamento de pessoal técnico e científico de nível médio e superior, do Instituto ou de outras entidades; fabricar medicamentos ou substâncias químicas para uso diagnóstico, profilático ou curativo, estudados ou aperfeiçoados no Instituto Butantan ou ainda, de interesse especial para os serviços de Saúde Pública; facultar à indústria farmacêutica condições para o seu aperfeiçoamento tecnológico e a realização de pesquisas médicas e farmacotológicas.

Missão Atual: Produção de soros e vacinas, pesquisa e divulgação da ciência e atuação do Instituto. Destacado centro de pesquisa biomédica, que integra pesquisas científica e tecnológica, produção de imunobiológicos e divulgação técnico-científica, buscando a permanente atualização e integração de seus recursos e, com isso, a inovação.